Căn cứ pháp lý và thời hạn giải trình theo quy định
Căn cứ Điều 16 và Điều 109 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15:
- Người nộp thuế có quyền được biết thông tin, tài liệu liên quan đến việc kiểm tra thuế và có nghĩa vụ cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình các nội dung liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế khi có yêu cầu của cơ quan quản lý thuế.
- Thời hạn giải trình: Thường được ghi cụ thể trong Thông báo yêu cầu giải trình (phổ biến từ 05 đến 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo).
- Nếu quá thời hạn ghi trong thông báo mà người nộp thuế không giải trình, không bổ sung thông tin hoặc giải trình không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế có quyền ấn định thuế hoặc chuyển sang kế hoạch kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo quy định.
4 bước chuẩn bị hồ sơ giải trình thuế bài bản
Khi nhận được công văn hoặc thông báo yêu cầu giải trình, bộ phận kế toán cần thực hiện ngay quy trình 4 bước:
- Đọc kỹ nội dung và phạm vi yêu cầu: Xác định rõ công văn yêu cầu giải trình về sắc thuế nào (GTGT, TNDN, TNCN), kỳ tính thuế nào, và danh mục hóa đơn, chứng từ hoặc nghiệp vụ cụ thể nào đang bị nghi vấn (ví dụ: chênh lệch doanh thu giữa tờ khai thuế GTGT và hóa đơn điện tử; hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế; tỷ lệ chi phí giá vốn bất thường).
- Thu thập và sắp xếp chứng từ gốc theo từng nhóm sự việc:
- Đối với nghi vấn hóa đơn mua vào: Hợp đồng kinh tế, biên bản bàn giao nghiệm thu, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (ủy nhiệm chi, sổ phụ ngân hàng), hóa đơn điện tử gốc dạng XML/PDF.
- Đối với chênh lệch doanh thu: Bảng kê chi tiết doanh thu, đối chiếu thời điểm nghiệm thu dịch vụ, chứng từ giảm trừ hoặc trả hàng.
- Soạn thảo công văn giải trình chi tiết: Trình bày theo bố cục rõ ràng: Trích yếu số công văn của cơ quan thuế -> Phân tích nguyên nhân chênh lệch một cách khách quan -> Liệt kê bảng kê tài liệu đính kèm -> Đề xuất phương án xử lý (giải trình bảo lưu số liệu hoặc cam kết nộp tờ khai bổ sung nếu phát hiện sai sót).
- Nộp văn bản giải trình và theo dõi phản hồi: Nộp theo kênh ghi trong yêu cầu của cơ quan thuế; lưu thông báo tiếp nhận, mã hồ sơ hoặc phiếu hẹn và theo dõi yêu cầu bổ sung.
Bảng đối chiếu các nguyên nhân giải trình phổ biến và hồ sơ minh chứng
| Nội dung nghi vấn | Nguyên nhân thực tế phổ biến | Hồ sơ minh chứng cần chuẩn bị |
|---|---|---|
| Chênh lệch doanh thu tờ khai GTGT và dữ liệu hóa đơn điện tử | Doanh nghiệp xuất hóa đơn điều chỉnh/thay thế hoặc có doanh thu không chịu thuế/thu tiền trước chưa đến hạn ghi nhận | Bảng kê đối chiếu hóa đơn, biên bản thỏa thuận điều chỉnh, hợp đồng kinh tế và sao kê thanh toán |
| Hóa đơn đầu vào từ doanh nghiệp bỏ trốn/ngừng hoạt động | Mua hàng thật trước thời điểm nhà cung cấp bị cơ quan thuế thông báo bỏ địa chỉ kinh doanh | Hợp đồng ký kết, biên bản giao nhận hàng, phiếu cân xe/kho bãi, ủy nhiệm chi qua ngân hàng đúng tên tài khoản người bán |
| Chi phí nhân công hoặc tiền lương tăng đột biến | Có dự án thời vụ, mở rộng quy mô sản xuất hoặc chi trả lương thưởng cuối năm | Hợp đồng lao động, bảng chấm công, bảng thanh toán lương có chữ ký hoặc sao kê chi lương ngân hàng, chứng từ nộp bảo hiểm |
| Tỷ suất lợi nhuận gộp âm hoặc quá thấp so với ngành | Bán hàng xả kho giảm giá, thanh lý hàng lỗi, chi phí nguyên liệu đầu vào tăng cao | Chương trình khuyến mại đăng ký với Sở Công thương, biên bản kiểm kê đánh giá phẩm chất hàng hóa, hóa đơn mua hàng đầu vào |
Tình huống minh họa chuẩn bị giải trình thực tế
Ví dụ, doanh nghiệp nhận yêu cầu giải trình về hóa đơn đầu vào của một nhà cung cấp sau khi trạng thái hoạt động của nhà cung cấp thay đổi. Kế toán xác minh thời điểm giao dịch và trạng thái tại thời điểm đó, sau đó tập hợp hợp đồng, đặt hàng, giao nhận, thanh toán, hóa đơn và bằng chứng sử dụng hàng hóa/dịch vụ; không kết luận hóa đơn không hợp lệ chỉ từ trạng thái hiện tại của nhà cung cấp.
Kế toán Công ty K tiến hành thu thập hồ sơ:
- Hợp đồng mua bán ký ngày 05/03/2026 kèm báo giá.
- Biên bản giao nhận hàng hóa tại công trình ngày 18/03/2026 có chữ ký lái xe giao hàng và thủ kho nhận hàng.
- Phiếu nhập kho số NK-03/041 kèm biên bản nghiệm thu chất lượng phôi thép.
- 01 Ủy nhiệm chi ngân hàng ACB chuyển tiền ngày 25/03/2026 số tiền 198.000.000 đồng vào tài khoản của Công ty Thép Nam Phát đăng ký với thuế.
- Lưu kết quả tra cứu tình trạng nhà cung cấp tại thời điểm giao dịch, nếu có, cùng hồ sơ xác minh thực tế.
Doanh nghiệp mô tả sự việc theo chứng từ và gửi bộ hồ sơ để cơ quan thuế xem xét. Kết quả phụ thuộc tài liệu, bản chất giao dịch và quy định áp dụng; không thể bảo đảm trước việc chấp nhận chi phí.
Checklist kiểm soát khi thực hiện giải trình thuế
- Kiểm tra kỹ thời hạn ghi trên thông báo; nếu cần thêm thời gian thu thập hồ sơ, nộp đơn xin gia hạn trước khi hết hạn.
- Không cung cấp chứng từ giả tạo, viết lùi ngày hoặc không có giao dịch thực tế vì tiềm ẩn rủi ro hình sự về hành vi trốn thuế.
- Toàn bộ hồ sơ nộp cho cơ quan thuế phải đóng dấu giáp lai (nếu nộp bản giấy) hoặc ký số điện tử hợp lệ.
- Lưu lại 01 bộ hồ sơ giải trình hoàn chỉnh (kèm biên nhận nộp) trong hồ sơ quyết toán thuế năm của doanh nghiệp.
Xem tiếp chuẩn bị kiểm tra thuế: tổ chức hồ sơ theo kỳ và theo giao dịch hoặc liên hệ dịch vụ kế toán báo cáo thuế trọn gói Thuế Toàn Cầu.