Trình tự kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
Căn cứ Điều 110 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15:
- Thông báo quyết định: Quyết định kiểm tra thuế phải được gửi cho người nộp thuế chậm nhất là 03 ngày làm việc kể từ ngày ban hành. Việc kiểm tra được tiến hành trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định (trừ trường hợp gia hạn theo quy định).
- Phạm vi kiểm tra: Ghi rõ niên độ kiểm tra (ví dụ: các năm 2023, 2024, 2025) và các sắc thuế thuộc diện kiểm tra (toàn bộ hoặc chuyên đề GTGT, TNDN, TNCN).
- Nghĩa vụ của doanh nghiệp: Cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra theo yêu cầu của đoàn kiểm tra; giải trình những vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra.
Phương pháp tổ chức hồ sơ tài liệu theo 2 trục: Theo Kỳ và Theo Giao Dịch
Để đoàn kiểm tra dễ dàng tra soát và đánh giá tính minh bạch, hồ sơ cần được phân loại song song theo hai cấu trúc:
1. Tổ chức hồ sơ theo Kỳ tính thuế (Niên độ kế toán)
Đối với mỗi năm tài chính trong quyết định kiểm tra, kế toán cần đóng gói thành từng bộ hồ sơ pháp lý và khai thuế riêng biệt:
- Tập hồ sơ khai thuế: Tờ khai thuế GTGT các tháng/quý (kèm thông báo tiếp nhận điện tử), tờ khai khấu trừ thuế TNCN, tờ khai quyết toán thuế TNDN (Mẫu 03/TNDN) và quyết toán thuế TNCN (Mẫu tờ khai quyết toán thuế TNCN theo mẫu hiện hành).
- Bộ Báo cáo tài chính hoàn chỉnh: Bảng cân đối kế toán, Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh, Báo cáo lưu chuyển tiền tệ, Thuyết minh BCTC, Bảng cân đối số phát sinh tài khoản năm.
- Sổ sách kế toán in ấn và lưu trữ: Sổ nhật ký chung, sổ cái các tài khoản từ loại 1 đến loại 9, sổ chi tiết công nợ phải thu (131), phải trả (331), sổ quỹ tiền mặt, sổ chi tiết tiền gửi ngân hàng.
- Biên bản kiểm kê cuối năm: Biên bản kiểm kê quỹ tiền mặt, kiểm kê hàng tồn kho, kiểm kê tài sản cố định tại thời điểm 31/12 của từng năm.
2. Tổ chức hồ sơ theo Nhóm Giao Dịch trọng yếu
Đoàn kiểm tra thuế thường tập trung vào các giao dịch có giá trị lớn hoặc có rủi ro cao về mặt thuế:
- Hồ sơ doanh thu: Hợp đồng kinh tế bán ra, biên bản giao nhận hàng hóa hoặc nghiệm thu khối lượng công việc, bảng kê hóa đơn điện tử đầu ra, sao kê tài khoản ngân hàng nhận tiền.
- Hồ sơ chi phí mua sắm và dịch vụ đầu vào: Hóa đơn mua hàng (bản PDF/XML), phiếu nhập kho, hợp đồng mua bán, biên bản bàn giao, ủy nhiệm chi qua ngân hàng đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên.
- Hồ sơ lao động và tiền lương: Thang bảng lương, quy chế lương thưởng, hợp đồng lao động, bảng chấm công, bảng thanh toán tiền lương (có chữ ký người lao động hoặc lệnh chuyển khoản ngân hàng), hồ sơ đăng ký giảm trừ gia cảnh người phụ thuộc, thông báo kết quả đóng BHXH (Mẫu C12-TS).
- Hồ sơ tài sản cố định và chi phí trả trước: Hóa đơn mua TSCĐ, biên bản bàn giao lắp đặt chạy thử, bảng tính trích khấu hao TSCĐ (TK 214) và bảng phân bổ chi phí trả trước dài hạn (TK 242).
Tình huống rà soát và đóng gói hồ sơ trước ngày kiểm tra
Công ty Cổ phần Thương mại V nhận Quyết định kiểm tra thuế niên độ 2024–2025. Trong vòng 5 ngày trước khi đoàn kiểm tra đến trụ sở, phòng kế toán đã triển khai rà soát:
- Đối chiếu số liệu: Phát hiện doanh thu trên BCTC năm 2024 cao hơn tổng doanh thu trên 4 tờ khai GTGT quý một khoản 50.000.000 đồng do có khoản thu nhập thanh lý phế liệu chưa lập hóa đơn. Kế toán lập bảng giải trình chi tiết nguyên nhân kèm chứng từ nộp thuế bổ sung trước khi đoàn công bố quyết định để được giảm nhẹ mức phạt.
- Kẹp chứng từ ngân hàng: Toàn bộ ủy nhiệm chi trên 20 triệu đồng được in từ ngân hàng điện tử, kẹp trực tiếp vào từng hóa đơn đầu vào tương ứng và sắp xếp theo thứ tự ngày tháng phát sinh.
- Danh mục hồ sơ bàn giao: Lập 01 Biên bản bàn giao tài liệu gồm 12 tập hồ sơ đóng gáy rõ ràng có dán nhãn bên ngoài, giúp đoàn kiểm tra tiếp cận số liệu ngăn nắp và tiết kiệm thời gian làm việc.
Checklist chuẩn bị trước khi đoàn kiểm tra công bố quyết định
- Rà soát khớp đúng giữa Sổ cái tài khoản 333 (các sắc thuế) với Tờ khai thuế và Giấy nộp tiền vào NSNN.
- Kiểm tra toàn bộ chữ ký, con dấu trên các chứng từ giấy (phiếu thu, phiếu chi, phiếu xuất nhập kho, hợp đồng).
- Sao lưu toàn bộ dữ liệu phần mềm kế toán và chuẩn bị sẵn máy tính làm việc cho cán bộ thuế.
- Phân công rõ nhân sự đầu mối làm việc với đoàn kiểm tra (thường là Giám đốc hoặc Kế toán trưởng được ủy quyền bằng văn bản).
Xem tiếp tạm ngừng kinh doanh: rà soát nghĩa vụ hồ sơ và số tiền thuế còn tồn hoặc tìm hiểu dịch vụ kế toán trọn gói Thuế Toàn Cầu.